這類問題通常為光驅廠商都有自己的Vendor Specific Command，而此類command并未遵循ATAPI規格的規范，而此種模式在現有的光驅市場是非常普遍的現象。但是也造成了SATA設計上的困難。

　　? Update optical media flash ROM問題

　　每一家系統廠商更新flash ROM的程序順序往往都是廠商特有的vendor specific command。而有些廠商的更新程序往往會與SATA傳輸協議有所出入，這也就會造成了兼容性的問題。

　　例如：持續的寫入sec count register對于PATA及ATAPI規格是有意義的，但是對于SATA而言卻是會被忽略的。

　　3. Violate ATAPI Spec Issue(違反ATAPI規格問題)

　　光驅接口反應未遵守規格的規定，這在PATA時期即是如此。與硬盤相比，硬盤的Operational Behavior與Command set基本上都相當遵守ATA Spec.的規范，但是光儲存裝置對于ATAPI Spec.卻往往有違反規格的情形發生。而PATA to SATA bridge就必須有能力補償ATAPI裝置違反ATAPI Spec.的運作差異(Operational Variations)。

　　所謂的作業差異，一般來說，許多ATAPI裝置都會在某些地方不符合ATAPI規格，進而產生所謂的「運作差異」，它們會以不同的形式出現，使得事前預測變得極為困難。ATAPI時序差異(timing variations)就是ATAPI裝置常見的一種差異，這是因為隨著ATAPI裝置在PIO或UDMA模式下工作，ATAPI總線Handshaking Signal的寬度也會有所不同，數據脈沖訊號(data strobe)就是例子。此時除非PATA to SATA橋接組件在他的SATA/ATAPI實體接口中提供可調整時序，否則采用這種組件的電路板就無法彌補ATAPI裝置的時序差異，系統廠商也將被迫選擇不同的ATAPI裝置或橋接組件;無論廠商采用哪種方式，產品上市的時間與未來的兼容性問題都會受到影響。

　　光驅接口反應未遵守規格的項目還包含以下各點：

　　? Status反應

　　? Interrupt反應

　　? Signature反應是錯誤的

　　? 運作反應違反ATAPI規格