“十一五”期間是貫徹落實黨中央、國務院建設創新型國家重大決策的關鍵時期，863計劃作為我國高技術研究發展的戰略性科技計劃，肩負著更加重要的歷史使命。863計劃將在前20年成功實施的基礎上，落實《國家中長期科學和技術發展規劃綱要》提出的前沿技術任務，超前部署，加大自主創新力度，充分發揮高技術引領未來發展的先導作用。 

　　——在發展思路上：“十一五”期間，863計劃將圍繞我國經濟社會發展、國家安全和國家利益拓展的戰略需求，堅持戰略性、前沿性和前瞻性，突出前沿技術的研究開發并統籌高技術集成應用和示范，顯著提高我國高技術領域的自主創新能力，引領我國高技術及其產業快速發展。 

　　——在部署安排上：針對《規劃綱要》中提出的前沿技術等任務，“十一五”863計劃在若干高技術領域按照專題和項目兩個方面進行安排，并進行分類管理。 

　　一是將探索性強、有望獲得原始性創新成果的前沿技術凝練成方向明確的專題組織研發。專題的組織實施將充分發揮專家的作用，以提高原始性創新能力為目標，鼓勵在高技術前沿進行探索。 

　　二是圍繞國家目標組織若干任務高度關聯的課題開展研究開發或應用示范，將集成性強、有  
望形成未來戰略產品和技術系統并可以進行應用示范的高技術凝練成目標明確的項目組織實施。 

　　——在組織實施上：863計劃按照“科學、規范、高效、公正”的管理要求，規范了計劃管理程序，形成了制度完善、職責明確、分工合理、協調有力、運行高效的計劃運行機制。 

　　在實施過程中，863計劃加大企業的參與力度，使企業通過863計劃任務的帶動提高自身的自主創新能力；完善計劃執行的評估和監督制度，加強第三方評估，提高計劃管理科學性和公正性；加強公開力度，2006年863計劃全部實現網上統一申報，專題課題全部采取網上評議，立項結果在網上向社會發布。