至此，主要的配置過程就結束了。但是還是需要配置如下部分：

(1) 分配存儲器和外部設備的基地址和中斷請求優先級;

(2) 設定NiosII處理器的啟動地址，本設計把片內存儲器設定為Nios II的啟動地址。

(3) 在生成NiosⅡ系統時，可以選擇生成Verilog語言還是VHDL 語言，本設計采用VHDL語言進行設計;

(4) 最后生成的qsf文件，相當于整個工程的文件，但是關于配置管腳使用的部分，需要用戶去生成。生成的方法可以在圖形界面下配置，也可以通過寫tcl文件的方法。寫tcl文件的方法一般來講，對于大型工程，還是比較方便的。

(5) 編譯整個NiosⅡ系統，在Altera 提供的開發環境Quartus II 中進行編譯。頂層設計文件可以使VHDL 也可以是原理圖的形式。

(6) 采用JATG口進行下載，把生成的的SOF文件下載到FPGA里。

2系統軟件設計

Altera公司為了用戶方便使用Nios II來快速研制產品，提供了功能強大、易于使用的Nios II集成開發環境，與一般的嵌入式系統開發設計比較類似。在生成NiosII的過程中已經自動生成了需要使用的頭文件(一般是C語言的頭文件)，同時一般外圍設備的驅動程序也可以生成。對于嵌入式操作系統，可以使用用戶自己裁剪的ucLinux內核也可以使用Altera提供的操作系統內核。本設計使用Altera公司提供的Nios II 9.0版本的開發環境。