PXI硬件規范還定義，所有的PXI機箱都包含一個位于機箱最左邊的系統控制器插槽(槽位1)?？梢赃x擇的控制器可以是運行Microsoft Windows操作系統或者是實時操作系統的嵌入式控制器，也可以是來自臺式機、工作站、服務器或者便攜式計算機的遠程控制器。

　　多模塊和多機箱之間的同步

　　和同步特性，這可以減少不同儀器之間實現觸發和同步功能的復雜性：PXI機箱背板上整合了一個10MHz的專用系統參考時鐘(圖1)，通過等長的背板走線傳輸到各插槽，各插槽之間的時鐘偏差小于1ns;10MHz系統時鐘的精度是由機箱決定的，典型值小于百萬分之25(25ppm)，并且通過在機箱的星形觸發插槽(槽位2)安裝一塊具有更穩定時鐘源的板卡(例如擁有板載OCXO的NI PXI-6653)，可進一步提高系統參考時鐘的精度。這樣可以用這個具有更高穩定性的參考時鐘來取代背板的10MHz時鐘。不同模塊上速率更高的采樣時鐘可以鎖相至該穩定的10MHz參考時鐘，從而提高多個模塊化儀器之間的同步性能。也可以輸出這個10MHz時鐘，用以同步多個PXI機箱和其他模塊儀器時作為參考時鐘。除了參考時鐘，PXI背板上也提供由8條TTL傳輸線組成的觸發總線，從而允許系統中的任意模塊都可設置一個可以被其他任意模塊檢測到的觸發信號。

　　以PXI為基礎，PXI Express提供了更多的定時和同步功能——100MHz的差分系統時鐘、差分信號傳輸以及差分星形觸發總線。采用差分時鐘和同步，PXI Express系統中儀器時鐘的抗噪聲性能進一步提高，并且可以以更高速率傳輸數據。因此，除了標準的PXI定時和同步信號外，PXI Express機箱應提供這些額外的定時和同步功能?！　?/p>

　　除了使用基于信號的方法來同步PXI及PXI Express系統，也可以基于絕對時間實現同步。通過附加的定時模塊，可以使用包括GPS、IEEE-1588或者IRIG-B在內的多種方式提供絕對時間。這些協議通過數據包的方式傳輸時間信息，因此系統可基于這些時間信息進行同步。如果PXI系統之間的部署距離很遠，共享實際的時鐘信號或觸發信號比較困難，在這種情況下，就可以依靠像GPS這樣的信號源來同步不同PXI系統的測量任務。除了電氣要求外，為了使系統集成變得更簡易，PXI同樣規定了對軟件的要求。這些要求包括使用標準操作系統架構，以及對所有外圍設備模塊使用合適的配置信息和軟件驅動。

　　PXI Express系統同樣強調軟件兼容性，因此當升級PXI到PXI Express系統使，無須更換驅動和應用軟件。